În ianuarie 2004, un grup de 30 de credincioşi din oraşul Ungheni s-au adresat episcopului de Chişinău cu cererea de a deschide în oraş o filială a Bisericii Catolice. Prima sfântă Liturghie la Ungheni a fost celebrată la 20 martie 2004. De îngrijirea spirituală a enoriaşilor catolici din Ungheni s-au ocupat preoţii Parohiei „Providenţa Divină” din Chişinău, Stanislav Cucharec şi Daniel Medveş. Prin decizia episcopului de Chişinău din aprilie 2006, filiala Ungheni a parohiei „Providenţa Divină” din Chişinău a fost ridicată la rangul de parohie cu hramul „Sfânta Ana”. La data de 26 iulie 2007, în prezenţa PS Anton Coşa, a fost pusă piatra de temelie a viitorului lăcaş de cult, care a fost sfinţit la 26 octombrie 2011, la împlinirea a 10 ani de la înființarea Diecezei de Chișinău. Din momentul înființării și până în anul 2012, paroh a fost Pr. Felix Malciuc, căruia i-a urmat, până la 1 mai 2022, Pr. Krzysztof Płonka. De la 1 mai 2022, paroh este Pr. dr. Petru Ciobanu, originar din această parohie.

De Parohia „Sfânta Ana” din Ungheni aparține și Filiala „Sfântul Ioan Paul al II-lea” din comuna Sculeni, r-nul Ungheni. La început, credincioșii din această localitate de pe malul Prutului au fost păstoriți de Pr. Jacek Puć de la Băți. După înființarea Parohiei „Sfânta Ana” în anul 2006, comunitatea din Sculeni a trecut în grija parohului de Ungheni. Piatra de temelie a bisericii „Sfântul Ioan Paul al II-lea” a fost pusă în iulie 2014, biserica fiind sfințită și altarul consacrat la 18 mai 2016, în ziua de naștere a marelui pontif, patronul ceresc al comunității.